1. Về miễn, giảm thuế TNDN: Căn cứ hướng dẫn tại mục III phần E Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính thì việc miễn thuế, giảm thuế TNDN được thực hiện kể từ khi có thu nhập chịu thuế. Trường hợp doanh nghiệp thuộc diện được miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 6 năm tiếp theo, đơn vị bắt đầu hoạt động sản xuất kinh doanh vào năm 2005 nhưng bị lỗ, năm 2006 mới có thu nhập chịu thuế thì thời gian được ưu đãi miễn thuế, giảm thuế được tính kể từ năm 2006.

2. Về hoàn thuế GTGT: Tại điểm 1 mục I phần D Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với trường hợp “Cơ sở kinh doanh trong 3 tháng liên tục trở lên (không phân biệt theo quý của năm dương lịch cũng như niên độ kế toán) có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết”. Như vậy, trong giai đoạn xây dựng cơ bản đơn vị không làm hồ sơ xin hoàn thuế, khi bắt đầu hoạt động kinh doanh, nếu trong 3 tháng liên tục kể từ khi bắt đầu hoạt động kinh doanh mà thuế GTGT đầu vào của hoạt động xây dựng cơ bản và của hoạt động kinh doanh chưa khấu trừ hết thì đơn vị được xét hoàn thuế.